Классически для постановки диагноза на пироплазмоз собак исследуют мазок капиллярной крови на обнаружение бабезий в эритроцитах.

Мазок капиллярной крови берётся из поверхностных капилляров внутренней поверхности ушной раковины. Для этого участок ушной раковины освобождают от шерсти, дезинфицируют спиртовым раствором и делают неглубокий надрез кожи. Первую сформированную каплю наносят на стекло и растягивают в мазок. Обнаружение в мазках крови возбудителя является подтверждением диагноза бабезиоза (пироплазмоза) собак.
Микроскопическая диагностика, не смотря на простоту и доступность требует много сил, времени и высокого профессионализма исследователей. В противном случае за возбудителя можно принять включения в эритроцитах другой природы (тельца Жоли, крупную редкую базофильную зернистость) и просто артефакты — последствия неправильного приготовления мазков крови, связанные с обезжириванием предметных стекол, фиксацией и окрашиванием мазков. Поэтому  правильно проведённое исследование, является гарантией  правильной диагностики.